故事發生在武藤遊戲所在時代數十年後的新童實野市,不動遊星手上最重要的卡片Stardust Dragon不幸被一名來自未來世界,名叫Paradox的人奪走,而Paradox更是發誓要會毀滅地球。為了奪回Stardust Dragon,不動游星穿越時光隧道,先後找到遊城十代、武藤遊戲等超強幫手。三大男主角夢幻集結,共同對抗來自未來的敵人、拯救世界。