哥哥愛德華以及弟弟阿爾凡斯為了尋回被媽媽疼愛之感覺,不惜涉足禁忌之術-人體試鍊。以十五歲之齡便成為國家鍊金術師,兄弟倆被世人冠以“天才”之名,可惜這次試鍊令愛德華失去左腳,阿爾凡斯更失去整個身體,令媽媽復活之夢慘被破滅。最後愛德華以右手換取阿爾凡斯之靈魂並附於一鎧甲上,並開始為他換回身體而開始冒險之旅,尋找傳說中力量之源“賢者之石”。故事中帶出不少發人深省之情節,為愛女而瘋狂之男子,利用鍊金術將其女兒與動物合成;為愛人不惜放棄一切,祈求鍊金術師協助之女子;妄想利用鍊金術來統治世界之鍊金術師等。