哥哥爱德华以及弟弟阿尔凡斯为了寻回被妈妈疼爱之感觉,不惜涉足禁忌之术-人体试链。以十五岁之龄便成为国家链金术师,兄弟俩被世人冠以“天才”之名,可惜这次试链令爱德华失去左脚,阿尔凡斯更失去整个身体,令妈妈复活之梦惨被破灭。最后爱德华以右手换取阿尔凡斯之灵魂并附于一铠甲上,并开始为他换回身体而开始冒险之旅,寻找传说中力量之源“贤者之石”。故事中带出不少发人深省之情节,为爱女而疯狂之男子,利用链金术将其女儿与动物合成;为爱人不惜放弃一切,祈求链金术师协助之女子;妄想利用链金术来统治世界之链金术师等。